Моды, строго говоря, не видоизменяют код, они видоизменяют ресурсы. Причём в таких играх, как Скайрим, которые поддерживают моддинг, для этого, как правило, не надо ничего "хакать". С новым XCOM и старыми Fallout, например, сложнее, т.к. там приходится местами именно "хакать" движок, чтобы заработало. Хотя в XCOM, кстати, мне удалось сделать скриптовый мод чисто на правках INI и скомпиленных бесплатной версией UDK пакетах, т.е. даже не влезая в ресурсы в принципе, но это был геморрой тот ещё.
Но таки да, моддинг это "серая" область. Собственно, я уже упоминала об этом выше. И это одна из причин, почему модмейкеры возмущены. Хоть моды и "серые", но прибылей они правообладателей не лишали. Но именно потому, что они "серые", убить моддинг можно очень легко, просто добавив пару дополнительных пунктов в соглашение, которые уже недвусмысленно будут относить неавторизованные модификации к хакерству/пиратству/whatever. И это сейчас возможно. Потому модмейкеры и вопрошают "что плохого мы вам сделали?"