Изложу свои соображения. Попытаюсь оценивать целесообразность выбора с двух позиций: с позиции игрока и с позиции героя игры.
1. Макомб / Преория
Тут, имхо, все зависит от того, будет ли ваш сквод связываться с уничтожением туррелей в Преории, или же решит выполнить задачу с минимальным расходом сил. Во втором случае Преория становится очень простой миссией, и с точки зрения выбора пути наименьшего сопротивления в игре целесообразно сперва проходить Преорию.
Однако, как сообщает генерал, в конвое, идущем через Макомб, оборону держит единственный воин, и он может пасть в любой момент. С точки зрения игрового мира это соображение должно отметать приспособленческие мотивы, озвученные выше. Так что - Макомб.
2. Мардин / Спрингфилд
Тут ситуация еще сложнее: с одной стороны, в Спрингфилде народ уже под властью врага, с другой - уничтожение бистлордов является крайне знаковым событием для Пустоши и Братства. Наверное, все же Мардин. С геймерской точки зрения - то же самое, поскольку после Мардина доступно оргомное количество интересных рекрутов.
3. Джефферсон / Канзас-сити
Для персонажа, владеющего навыком скрытности, Джефферсон - очень простая миссия, в то время как Канзас-сити требует применения огромной огневой мощи в широкомасштабных боевых действиях. К тому же, уничтожение вражеского завода по производству оружия - дело благое (напомню, что до миссии герой не в курсе, что именно подпитывают генераторы). С другой стороны, Канзас-сити находится на осадном положении, и прибыть туда нужно как можно скорее.
Наверное, оптимальным вариантом для настоящего Брата Стали будет заезд в Джефферсон по дороге в Канзас-сити, без возвращения в бункер. Причем не на APC, а на Хаммере (он быстрее). Ну, who is here a tough guy? ;-)
4. Great Bend / Coldwater
Тут, имхо, все однозначно. Great Bend не имеет никакого стратегического значения, и перебить роботов мы всегда успеем. А вот покарать мерзавцев, предавших наших братьев - дело, требующее незамедлительных действий. С чисто же геймерской точки зрения лучше начать с Great Bend'а, поскольку он зело проще. Но мой выбор - Coldwater.
5. Canyon City / Buena Vista
По практической значимости и срочности выполнения миссии примерно одинаковы, так что герою, пожалуй, без разницы. С точки же зрения геймера Canyon City намного проще. Так что - Canyon City.
Было бы интересно услышать другие версии.