1) Что это за убежище, откуда никого не выпускают, но всех впускают и откуда там взялись тараканы?
2) Зачем Отец ГГ пошел в убежище с киберпанковым маньяком, как эта технология могла помочь проекту "Чистота"?
3) Что случилось с полковником Отемом, как он выжил в радиционной комнате? Тогда жив ли отец главного героя?
4) Почему Братсво Стали так легко пустило группу ученых и ГГ, когда вроде бы ясно было сказано, что внешних в Братство не пускают?
5) Почему возникла несогласованность между президентом Eden и Отемом, при освождении ГГ? Кому тогда подчиняются Солдаты.
7) Зачем президенту Eden использовать ГГ для отравления воды, когда это можно поручить тому же Отему или любому-другому бойцу Анклава.
8) По словам президента Eden только Отем в курсе, того, что он компьютер, тогда кто же главный в их тандеме, почему Отем подчиняется Edenу, а сам не станет Президентом и почему Отем не попробовал им управлять, если Компьютер выполняет все, что ему прикажут. И почему другие солдаты на базе об этом не знают? Президент невидимка? А техники? Или такому компьютеру они не нужны.
9) Зачем полковник Отем пытался помешать ГГ в конце, у него же не было никаких шансов, учитывая его броню и оружие. Жест отчаянья?
10) почему Супермутант отказался идти в радиактивную комнату, ему же радиация по фигу?